В годы Великой Отечественной войны значительная часть русского населения обратилась к православию. В самом начале войны местоблюститель патриаршего престола митрополит Сергий обратился ко всем верующим и к духовенству с посланием, в котором были и такие слова: «Церковь Христова благословляет всех православных на защиту священных границ нашей Родины». Патриотическая деятельность Русской православной церкви по сбору денежных средств, драгоценностей и вещей для нужд фронта послужила толчком к диалогу между властью и церковью. В феврале 1943 г. митрополит Сергий и Сталин обменялись посланиями, а 4 сентября Сталин принял митрополитов Сергия, Алексия и Николая. Результаты этой беседы превзошли все ожидания: вопросы, поставленные иерархами, и самый главный – созыв Архиерейского собора и выборы патриарха, престол которого пустовал 18 лет, были решены положительно.

8 сентября 1943 г. в Москве состоялся Архиерейский собор, избравший митрополита Московского Сергия Патриархом Московским и Всея Руси. 8 октября того же года был образован Совет по делам Русской православной церкви при Совнаркоме СССР, которому отводилась роль посредника между правительством и церковью.

Экстремальные обстоятельства, связанные с войной, вынудили советское правительство пересмотреть национальную политику вообще и в рамках этой политики отношение к церкви в частности. Неблагоприятный для страны ход событий на фронте остро поставил вопрос о выживании народа и существовании государства. Чем хуже шли дела на фронте, тем настойчивее обращалась пропаганда с призывами о защите Отечества к «великой русской нации». Конечно, догмы официального коммунистического мировоззрения не отвергались и даже не пересматривались, но реальное содержание идеологической работы в массах обрело, несомненно, национально-патриотические черты. Имена Александра Невского, Дмитрия Донского, Кузьмы Минина, Дмитрия Пожарского, Александра Суворова, Михаила Кутузова, наряду с именем Ленина, упоминались Сталиным в его речи на Красной площади 7 ноября 1941 г. как «вдохновляющие образы» в освободительной войне.

С конца 1943 г. открываются для службы храмы, растет количество православных общин, возвращается из лагерей репрессированное духовенство. Прекращаются прямые гонения на верующих. Русская история и национальная культура из объектов глумления и нападок превратились в объект почитания, вернулись на свое законное почетное место.

В сентябре 1943 года возобновилось издание "Журнала Московской Патpиаpхии". Редактором журнала стал сам Патpиаpх. Важнейшей заботой Патpиаpха было замещение аpхиеpейских кафедр, большинство из котоpых вдовствовало. Также крайне сложным делом было устроение канонически нормальной церковной жизни в областях, пострадавших от оккупации, где при немцах образовались расколы и самоличные отделения. Русская Пpавославная церковь оказывала и немалую материальную поддержку нашей армии. Так, ко дню 24-й годовщины Кpасной Аpмии веpующии столицы внесли на подарки защитникам Родины 1,5 млн. рублей. К 25-летнему юбилею Красной Армии на постройку танковой колонны имени Дмитрия Донского верующие Московской области собрали свыше 2-х млн. рублей, а в ноябрьские праздники того же года около 500000 pублей. По инициативе московских пастырей прихожанами был организован сбор металлолома на нужды обороны, одежды, обуви и дpугих необходимых фронту вещей. Только за первые три военных года около 200 храмов Московской области сдали на нужды обороны 12 млн. рублей. Список данных о пожертвованиях векующих можно продолжать еще долго и долго. 18 мая 1944 года скончался Патpиаpх Сеpгий. Это было новым испытанием для Русской Православной Цеpкви. Потому что в лице Патpиаpха Сеpгия церковь потеряла своего верного служителя.